废水中的磷主要分为无机磷和有机磷。无机磷以各种磷酸盐形式存在，包括正磷酸盐、偏磷酸盐、磷酸氢盐、磷酸二氢盐，以及聚合磷酸盐如焦磷酸盐、三磷酸盐等。有机磷大多是有机磷农药，如甲基对硫磷、乙基对硫磷、马拉硫磷等构成，这些物质大多呈胶体和颗粒状，不溶于水，易溶于有机溶剂。

废水除磷一般是化学除磷和生物除磷。化学除磷是通过化学沉淀过程，采用的药剂一般有铝盐、铁盐、石灰、次亚磷去除剂HMC-P3（主要针对电镀、磷化工等行业产生的大量次亚磷废水，是湛清环保针对性研发的化学药剂）。生物除磷的基本原理是利用聚磷菌等微生物在厌氧条件下能充分释放其细胞体内的聚合磷酸盐，从而达到除磷的目的。