重庆食品经营许可证的申请流程如下：

1、首先填写好食品经营许可证的申请表。

2、准备法人复印件、从业人员复印件和。然后制定食品安全管理制度。

3、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实自己所使用的水是自来水公司提供的。

4、到当地市场监督管理局提交如下资料：

(1)《食品流通许可申请书》;

(2)《名称预先核准通知书》复印件;

(3)与食品经营相适应的经营场所的使用证明;

(4)负责人及食品安全管理人员的明;

(5)与食品经营相适应的经营设备、工具清单;

(6)与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件。

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